Urkundlich wurde Arnhofen zum ersten Mal 867 unter dem Namen „arnhelmahova“ erwähnt. Dies bedeutet so viel wie der Hof des „Arnhelm“. Arnhofen ist seit der Gebietsreform 1972 ein Abensberger Stadtteil und hat um die 500 Einwohner.
1874 erhielt es im Zuge des Baus der Bahnstrecke Ingolstadt-Regensburg einen eigenen Bahnhof mit angeschlossener Güterhalle, der allerdings 1964 aufgrund fehlender Rentabilität wieder geschlossen wurde.
1910 beschloss ein königlicher Bezirksamtmann, Arnhofen und Pullach zusammenzulegen, um die Verwaltung beider Orte zu erleichtern. Dieser Zusammenschluss wurde nach dem zweiten Weltkrieg 1948 wieder rückgängig gemacht. Dennoch besteht zwischen den Ortsteilen Arnhofen und Pullach heute eine enge Verbindung, das Vereinsleben erstreckt sich zum Beispiel über beide Ortschaften. Arnhofen gehört zur Pfarreiengemeinschaft Abensberg-Sandharlanden-Pullach.
